يعتبر قسم الصحة من الأقسام الضرورية في البلدية ويدير هذا القسم رئيس القسم ومفتش صحة ومراقب عمال وأربع سائقين وثمانية عمال نظافة ويتولى القيام بجميع الفعاليات المتعلقة بالموضوع البيئي والصحي سواء في عنبتا نفسها أو في منطقة وادي الشعير عموماً والتي تضم كلاً من( بلعا،كفراللبد،رامين،بيت ليد،سفارين،وقرية اكتابا )بعدد سكانها البالغ ما يزيد عن (35000 ) نسمة حيث يقع على كاهل بلدية من خلال هذا القسم مهام أساسية فيما يتعلق  ب(مجلس الخدمات والتطوير الإقليمي المشترك لمنطقة وادي الشعير) الذي تم تشكيله خصيصاً بمبادرة من بلدية عنبتا(ومقره في عنبتا) للإشراف على كل ما يتعلق بالموضوع البيئي والصحي في (منطقة وادي الشعير) وذلك نظراً للخبرة الطويلة التي تتمتع بها بلدية عنبتا في هذا الموضوع، ويمكن أن تتلخص مهام هذا القسم  كما يلي:
1. الأشراف الصحي على البلدة بشكل عام وذلك بالتنسيق مع كافة الجهات الحكومية والأهلية المختصة بالشان الصحي
2. المحافظة على نظافة البلدة عن طريق قيام العمال بتنظيف الشوارع وإزالة النفايات ضمن حركة مستمرة بواسطة سيارة حديثة لنقل النفايات حيث قام القسم بتوزيع ما يزيد عن 300 حاوية سعة 1000 لتر في مختلف أنحاء عنبتا ، ولذا يعتبر نظام جمع النفايات الصلبة في عنبتا في غاية الفعالية حيث تتمثل النتيجة في مستوى النظافة العالية التي تتمتع بها مدينة عنبتا .
3. الرقابة الصحية على محلات بيع الأطعمة من خلال إعطاء الشروط الصحية الواجب اتباعها والكشف الدوري على المحلات والمعلبات والمشروبات للتأكد من صلاحيتها للاستهلاك البشري وملاحقة أصحاب المحلات الذين لا يتقيدون بالشروط الصحية في مؤسساتهم ومحلاتهم .
4. الرقابة على المكاره الصحية حيث يقوم القسم يومياً بأعمال المسح اليومي لكافة الأحياء للتأكد من خلوها من النفايات والمياه العادمة
5. تنظيف مجرى الوادي المار من وسط البلدة (وادي الزومر) من هياكل المواد الملقاة به وإزالة كل العوائق التي من الممكن أن تشكل ضرراً على سيره.
6. مكافحة البعوض حيث يقوم القسم بأعمال رش الدخان  بشكل روتيني بين  مساكن المواطنين وخاصة في فصل الصيف للقضاء على البعوض والحشرات والطفيليات الضارة الأخرى
7. إصدار رخص الحرف والصناعات ويشترط توفر مجموعة من الشروط الصحية قبل إصدار الرخصة  .

المشاريع التي تم إنجازها : -
1. في سنة (2003) قامت بلدية عنبتا بإقامة نظام لجمع النفايات الصلبة يضم قرى وبلدات منطقة (وادي الشعير) ضمن إطار (مجلس الخدمات والتطوير الإقليمي المشترك لمنطقة وادي الشعير) وذلك بالتعاون مع مؤسسة إنقاذ الطفل وبتمويل من وكالة الإنماء البريطانية (DFID)حيث تم تزويد (مجلس الخدمات )بثلاثة تراكتورات لجمع النفايات من قرى منطقة وادي الشعير بالإضافة إلى( 200 )حاوية معدنية سعة ألف لتر كما تم تزويد المجلس بتجهيزات مكتبية وأجهزة مساحة ومعدات ورشة صيانة من ضمن نفس المشروع .
2. في سنة (2003) قامت البلدية بإنشاء بركس شرقي عنبتا  بمساحة (200) متر مربع ليكون مقرا لورشة الصيانة وللمعدات والتجهيزات والماكينات والمركبات الخاصة بمجلس الخدمات وذلك بالتعاون مع مؤسسة إنقاذ الطفل وتمويل من وكالة الإنماء البريطانية (DFID).
3.قامت بلدية عنبتا ومن خلال الجمعية المحلية للحفاظ على البيئة  بإنجاز حملة توعية وتثقيف صحي في قرى وبلدات منطقة وادي الشعير استمرت لمدة ثلاث سنوات (1999 –2002 ) وذلك بتمويل من وكالة الإنماء البريطانية (DFID).

 

المشاريع قيد التخطيط :

تخطط بلدية عنبتا وبدعم من مؤسسة إنقاذ الطفل والإيطاليين ووزارة البيئة الفلسطينية بالإضافة إلى القرى والبلدات المجاورة من خلال (مجلس الخدمات والتطوير الإقليمي المشترك لمنطقة وادي الشعير) لإقامة مكب للنفايات الصلبة في موقع المكب الحالي غربي عنبتا بحيث يعتمد  مبدأ (الطمر الصحي )كآلية ملائمة للتخلص من النفايات الصلبة والتي يتم جمعها من المنطقة بدل اعتماد مبدأ الحرق الضار بالبيئة كما هو الحال في الوقت الحاضر، وتبلغ الموازنة المرصودة لهذا المشروع حوالي (1.5) مليون دولار ، ومن المتوقع أن تكون لهذا المشروع بعد تنفيذه آثار إيجابية هائلة وبعيدة المدى على الواقع البيئي والصحي للمنطقة بأسرها .